Из-за присутствия адаптированных к хозяину видов и генотипов Cryptosporidium молекулярные инструменты могут помочь оценить источник и опасный потенциал ооцист Cryptosporidium в воде. Разработка и использование молекулярных инструментов для анализа проб окружающей среды прошли несколько этапов. Ранее инструменты полимеразной цепной реакции (ПЦР) были разработаны для обнаружения ооцист Cryptosporidium в клинических образцах. Впоследствии во многие из этих анализов был включен компонент генотипирования для дифференциации ооцист Cryptosporidium антропонозного происхождения от зоонозного происхождения. Эти инструменты в основном основаны на последовательностях бычьих изолятов C. parvum и предназначены для обнаружения C. parvum в клинических образцах, поэтому они не обнаруживают и дифференцируют многие виды Cryptosporidium. и отдаленные генотипы C. parvum. Совсем недавно были внедрены новые молекулярные инструменты, специфичные для рода Cryptosporidium и обладающие способностью дифференцировать виды и генотипы Cryptosporidium, что привело к обнаружению пяти основных паразитов Cryptosporidium у людей: C. parvum человеческого и бычьего генотипов, C. meleagridis, C. felis и C. canis. Текущие проблемы молекулярного обнаружения ооцист Cryptosporidium включают: доступность лишь ограниченного числа инструментов для видовой дифференциации, большинство из которых основаны на гене малой субъединицы рРНК; неспецифичность некоторых инструментов видовой дифференциации; неправильная интерпретация данных из-за отсутствия информации о последних результатах; и наличие ошибочных данных в базе данных и публикациях. Тем не менее, в сочетании с иммуномагнитной сепарацией (IMS) некоторые инструменты на основе ПЦР успешно используются для обнаружения, дифференциации и отслеживания ооцист Cryptosporidium в ливневых, поверхностных и сточных водах. ......