Целью этой работы была разработка, оптимизация и проверка автоматизированной системы микроскопического сканирования на основе анализа цифровых изображений для обнаружения окрашенных иммунофлуоресцентными антителами (IFA) Cryptosporidium sp. ооцисты на предметных стеклах и/или фильтрующих мембранах. Были проведены испытания автоматического подсчета по сравнению с ручным подсчетом с использованием препаратов, окрашенных IFA, с различным количеством присутствующего мешающего детритного материала. Мы также стремились оптимизировать окрашивание, крепление и оптические свойства препаратов водного концентрата, используя количественные возможности инструментов. Автоматизация микроскопического сканирования фильтрующих мембран или предметных стекол на Cryptosporidium sp. ооцисты уменьшают субъективность анализа и аналитические затраты, поскольку время квалифицированного микроскописта сведено к минимуму и можно практически проанализировать больше водного концентрата. Кроме того, можно количественно оптимизировать и сравнить аналитические методы, требующие микроскопии и эпифлуоресцентного окрашивания.